De Historische Scheepswerf Wolthuis kent een lange geschiedenis en is één van de oudste scheepswerven in de provincie Groningen. Op de plaats waar nu de Historische Scheepswerf Wolthuis ligt, is al meer dan 300 jaar een scheepswerf gevestigd. Nadat het Winschoterdiep in de periode 1970-1980 definitief gedempt werd, verloor deze werf haar bestaansmogelijkheid als werf, doordat er geen schepen meer konden komen. In 1983 werd de werf officieel gesloten. Vrij snel daarna ontstond het idee om de werf om te vormen tot een museum. Dat idee werd ingegeven door de historische plek, het monumentale gebouw en de waardevolle collectie gereedschappen en machines.

In 2013 werd de werf officieel geopend onder de naam Historische Scheepswerf Wolthuis en verkreeg hij de status van Rijksmonument. Het is een in werking zijnde museumwerf. Aan de ene kant is de werf in gebruik voor restauratie, reparaties en onderhoud van (historische) schepen en kleine opdrachten. Aan de andere kant is het een museumwerf, op de oorspronkelijke authentieke locatie, met exposities en demonstraties van originele oude gereedschappen en machines. Op de Historische Scheepswerf Wolthuis kan iedereen kennis maken met de historie van de veenkoloniale scheepsbouw.